Outbreak report of SARS-CoV-2 infection by airborne transmission: Epidemiologic and molecular evidence. / Reporte de un brote de infección por SARS-CoV-2 por transmisión aérea: evidencia epidemiológica y molecular

INTRODUCTION: It has been shown that the transmission of SARS-CoV-2 occurs mainly by air, and the risk of infection is greater in closed spaces. OBJECTIVE: To describe the epidemiology, virology and molecular characterization of a COVID-19 outbreak at a closed vaccination point during the third wave of SARS-CoV-2 in Colombia. MATERIALS AND METHODS: Diagnostic tests, interviews, sampling, cell cultures and viral sequencing were carried out, the latter being molecular characterization and lineage identification. RESULTS: Seven workers were positive for SARS-CoV-2; among these, 3 samples were analyzed, plus an additional sample belonging to the mother of the presumed index case; all samples were identified with lineage B.1.625, with a maximum of 2 nucleotides difference between them. CONCLUSIONS: Variant B.1.625 was identified as the cause of the COVID-19 outbreak, and a co-worker was also identified as the index case. Unexpectedly, attending a vaccination day became a risk factor for acquiring the infection.

Introducción. Se ha demostrado que la transmisión de SARS-CoV-2 se produce principalmente por vía aérea y el riesgo de infección es mayor en espacios cerrados con alta concentración de personas; este último factor se presentó en algunos de los puestos de vacunación de la ciudad de Medellín. Objetivo. Describir la epidemiología, virología y caracterización molecular de un brote de COVID-19 en un punto de vacunación cerrado durante la tercera ola de SARS-CoV-2 en Colombia. Materiales y métodos. Se realizaron test diagnósticos, entrevistas, toma de muestras, aislamiento viral y secuenciación genómica. Con esta última, se hizo la caracterización molecular y se identificó el linaje. Resultados. Siete trabajadores fueron positivos para SARS-CoV-2, y de estos, tres muestras fueron secuenciadas, más una muestra adicional perteneciente a la madre del presunto caso índice. Todas las muestras fueron identificadas con el linaje B.1.625, con un máximo de dos nucleótidos de diferencia entre ellas. Conclusiones. Se identificó la variante B.1.625 como la causante del brote de COVID-19, y también un compañero de trabajo fue identificado como el caso índice. De forma imprevista, asistir a una jornada de vacunación se convirtió en un factor de riesgo para adquirir la infección.

Expanding access to early phase trials: the CATCH-UP.2020 experience.

BACKGROUND: Disparities in cancer outcomes persist for underserved populations; one important aspect of this is limited access to promising early phase clinical trials. To address this, the National Cancer Institute-funded Create Access to Targeted Cancer Therapy for Underserved Populations (CATCH-UP.2020) was created. We report the tools developed and accrual metrics of the initial year of CATCH-UP.2020 with a focus on racial, ethnic, geographic, and socioeconomically underserved populations. METHODS: CATCH-UP.2020 is a P30 supplement awarded to 8 National Cancer Institute-designated cancer centers with existing resources to rapidly open and accrue to Experimental Therapeutics Clinical Trials Network (ETCTN) trials with emphasis on engaging patients from underserved populations. Sites used patient-based, community-based, investigator-based, and program-based tools to meet specific program goals. RESULTS: From September 2020 to August 2021, CATCH-UP.2020 sites opened 45 ETCTN trials. Weighted average trial activation time for the 7 sites reporting this was 107 days. In the initial year, sites enrolled 145 patients in CATCH-UP.2020 with 68 (46.9%) representing racial, ethnic, rural, and socioeconomically underserved populations using the broader definition of underserved encompassed in the grant charge. During the initial year of CATCH-UP.2020, a time impacted by the COVID-19 pandemic, 15.8% (66 of 417) and 21.4% (31 of 145) of patients enrolled to ETCTN trials at network and at CATCH-UP sites, respectively, were from racial and ethnic minority groups, a more limited definition of underserved for which comparable data are available. CONCLUSION: Targeted funding accelerated activation and accrual of early phase trials and expanded access to this therapeutic option for underserved populations.

Neutralizing antibody titers to Omicron six months after vaccination with BNT162b2 in Colombia.

The emergence of the Omicron variant has generated concerns about the efficacy of COVID-19 vaccines. We evaluated the serum neutralizing activity of antibodies against the Omicron (lineage BA.1.1) by plaque reduction neutralizing test, as well as its correlation with age and gender, in a Colombian cohort six months after being vaccinated with BNT162b2 (Pfizer/BioNTech). Compared to all other variants analyzed, a significantly lower neutralizing activity (p<0.001) was observed against Omicron. Interestingly, older individuals exhibited lower titers against Omicron than those younger than 40. No statistical differences in neutralizing activity were observed according to gender. Our results showed that two doses of BNT162b2 might not provide robust protection against the Omicron variant over time. It is necessary to consider including changes in the composition of the vaccines to protect against new emerging variants of SARS-CoV-2 and campaigns to implement additional booster vaccinations.

The Usefulness of Antigen Testing in Predicting Contagiousness in COVID-19.

Increasing the diagnostic capacity for COVID-19 (SARS-CoV-2 infection) is required to improve case detection, reduce COVID-19 expansion, and boost the world economy. Rapid antigen detection tests are less expensive and easier to implement, but their diagnostic performance has been questioned compared to reverse transcription-PCR (RT-PCR). Here, we evaluate the performance of the Standard Q COVID-19 antigen test for diagnosing SARS-CoV-2 infection and predicting contagiousness compared to RT-PCR and viral culture, respectively. The antigen test was 100.0% specific but only 40.9% sensitive for diagnosing infection compared to RT-PCR. Interestingly, SARS-CoV-2 contagiousness is highly unlikely with a negative antigen test since it exhibited a negative predictive value of 99.9% compared to viral culture. Furthermore, a cycle threshold (CT) value of 18.1 in RT-PCR was shown to be the one that best predicts contagiousness (area under the curve [AUC], 97.6%). Thus, screening people with antigen testing is a good approach to prevent SARS-CoV-2 contagion and allow returning to daily activities. IMPORTANCE The importance of our results is the excellent agreement between the Standard Q COVID-19 antigen test and the viral culture, indicating that it is important as a marker of contagiousness. Due to its high positive predictive value in situations of a high prevalence of infection, positive results do not require confirmation with another test. Likewise, its high negative predictive value for contagiousness makes possible to use this test as a criterion to discharge patients in isolation and screen people moving into environments that could facilitate the transmission of the virus. Screening people with antigen testing is a good approach to prevent SARS-CoV-2 contagion and allow returning to daily activities.

Immune characterization of a Colombian family cluster with SARS-CoV-2 infection. / Caracterización inmunológica de un grupo familiar colombiano con infección por SARS-CoV-2

INTRODUCTION: Immunological markers have been described during COVID-19 and persist after recovery. These immune markers are associated with clinical features among SARSCoV-2 infected individuals. Nevertheless, studies reporting a comprehensive analysis of the immune changes occurring during SARS-CoV-2 infection are still limited. OBJECTIVE: To evaluate the production of proinflammatory cytokines, the antibody response, and the phenotype and function of NK cells and T cells in a Colombian family cluster with SARS-CoV-2 infection. MATERIALS AND METHODS: Proinflammatory cytokines were evaluated by RT-PCR and ELISA. The frequency, phenotype, and function of NK cells (cocultures with K562 cells) and T-cells (stimulated with spike/RdRp peptides) were assessed by flow cytometry. Anti-SARS-CoV-2 antibodies were determined using indirect immunofluorescence and plaque reduction neutralization assay. RESULTS: During COVID-19, we observed a high proinflammatory-cytokine production and a reduced CD56bright-NK cell and cytotoxic response. Compared with healthy controls, infected individuals had a higher frequency of dysfunctional CD8+ T cells CD38+HLA-DR-. During the acute phase, CD8+ T cells stimulated with viral peptides exhibited a monofunctional response characterized by high IL-10 production. However, during recovery, we observed a bifunctional response characterized by the co-expression of CD107a and granzyme B or perforin. CONCLUSION: Although the proinflammatory response is a hallmark of SARS-CoV-2 infection, other phenotypic and functional alterations in NK cells and CD8+ T cells could be associated with the outcome of COVID-19. However, additional studies are required to understand these alterations and to guide future immunotherapy strategies.

Introducción. Se han descrito diferentes marcadores inmunológicos durante la COVID-19, los cuales persisten incluso después de la convalecencia y se asocian con los estadios clínicos de la infección. Sin embargo, aún son pocos los estudios orientados al análisis exhaustivo de las alteraciones del sistema inmunológico en el curso de la infección. Objetivo. Evaluar la producción de citocinas proinflamatorias, la reacción de anticuerpos, y el fenotipo y la función de las células NK y los linfocitos T en una familia colombiana con infección por SARS-CoV-2. Materiales y métodos. Se evaluaron las citocinas proinflamatorias mediante RT-PCR y ELISA; la frecuencia, el fenotipo y la función de las células NK (en cocultivos con células K562) y linfocitos T CD8+ (estimulados con péptidos spike/RdRp) mediante citometría de flujo, y los anticuerpos anti-SARS-CoV-2, mediante inmunofluorescencia indirecta y prueba de neutralización por reducción de placa. Resultados. Durante la COVID-19 hubo una producción elevada de citocinas proinflamatorias, con disminución de las células NK CD56bright y reacción citotóxica. Comparados con los controles sanos, los individuos infectados presentaron con gran frecuencia linfocitos T CD8+ disfuncionales CD38+HLA-DR-. Además, en los linfocitos T CD8+ estimulados con péptidos virales, predominó una reacción monofuncional con gran producción de IL-10 durante la fase aguda y una reacción bifuncional caracterizada por la coexpresión de CD107a y granzima B o perforina durante la convalecencia. Conclusión. Aunque la reacción inflamatoria caracteriza la infección por SARS-CoV-2, hay otras alteraciones fenotípicas y funcionales en células NK y linfocitos T CD8+ que podrían asociarse con la progresión de la infección. Se requieren estudios adicionales para entender estas alteraciones y guiar futuras estrategias de inmunoterapia.

Isolation and characterization of an early SARS-CoV-2 isolate from the 2020 epidemic in Medellín, Colombia

Resumen Introducción. El nuevo coronavirus causante de un brote de enfermedad respiratoria aguda en China en diciembre de 2019 se identificó como SARS-CoV-2. La enfermedad, denominada COVID-19, fue declarada pandemia por la Organización Mundial de la Salud (OMS). El primer caso de COVID-19 en Colombia se reportó el 6 de marzo de 2020;en este estudio se caracterizó un aislamiento temprano del virus SARS-CoV-2 de una muestra recolectada en abril de 2020. Objetivos. Describir y caracterizar una cepa temprana a partir de un aislamiento de SARS-CoV-2 durante la pandemia en Colombia. Materiales y métodos. Se obtuvo una muestra de un paciente con COVID-19 confirmada por qRT-PCR;la muestra fue inoculada en diferentes líneas celulares hasta la aparición del efecto citopático. Para confirmar la presencia de SARS-CoV-2 en el cultivo, se utilizó la qRT-PCR a partir de los sobrenadantes, la inmunofluorescencia indirecta (IFI) en células Vero-E6, así como microscopía electrónica y secuenciación de nueva generación (next-generation sequencing). Resultados. Se confirmó el aislamiento de SARS-CoV-2 en células Vero-E6 por la aparición del efecto citopático tres días después de la infección, así como mediante la qRT-PCR y la IFI positiva con suero de paciente convaleciente positivo para SARS-CoV-2. Además, en las imágenes de microscopía electrónica de trasmisión y de barrido de células infectadas se observaron estructuras compatibles con viriones de SARS-CoV-2. Por último, se obtuvo la secuencia completa del genoma, lo que permitió clasificar el aislamiento como linaje B.1.5. Conclusiones. La evidencia presentada en este artículo permite confirmar el primer aislamiento de SARS-CoV-2 en Colombia. Además, muestra que esta cepa se comporta en cultivo celular de manera similar a lo reportado en la literatura para otros aislamientos y que su composición genética está acorde con la variante predominante en el mundo. Finalmente, se resalta la importancia que tiene el aislamiento viral para la detección de anticuerpos, para la caracterización genotípica y fenotípica de la cepa y para probar compuestos con potencial antiviral. Introduction: SARS-CoV-2 has been identified as the new coronavirus causing an outbreak of acute respiratory disease in China in December, 2019. This disease, currently named COVID-19, has been declared as a pandemic by the World Health Organization (WHO). The first case of COVID-19 in Colombia was reported on March 6, 2020. Here we characterize an early SARS-CoV-2 isolate from the pandemic recovered in April, 2020. Objective: To describe the isolation and characterization of an early SARS-CoV-2 isolate from the epidemic in Colombia. Materials and methods: A nasopharyngeal specimen from a COVID-19 positive patient was inoculated on different cell lines. To confirm the presence of SARS-CoV-2 on cultures we used qRT-PCR, indirect immunofluorescence assay, transmission and scanning electron microscopy, and next-generation sequencing. Results: We determined the isolation of SARS-CoV-2 in Vero-E6 cells by the appearance of the cytopathic effect three days post-infection and confirmed it by the positive results in the qRT-PCR and the immunofluorescence with convalescent serum. Transmission and scanning electron microscopy images obtained from infected cells showed the presence of structures compatible with SARS-CoV-2. Finally, a complete genome sequence obtained by next-generation sequencing allowed classifying the isolate as B.1.5 lineage. Conclusion: The evidence presented in this article confirms the first isolation of SARS-CoV-2 in Colombia. In addition, it shows that this strain behaves in cell culture in a similar way to that reported in the literature for other isolates and that its genetic composition is consistent with the predominant variant in the world. Finally, points out the importance of viral isolation for the detection of neutralizing antibodies, for the genotypic and phenotypic characterization of the strain and for testing compounds with antiviral potential.

Autopsias en casos sospechosos de SARS-CoV-2

La medicina forense debe contemplar la posibilidad de que fallecidos por causas violentas o desconocidas puedan estar infectados por el virus SARS-CoV-2, o que el diagnóstico de la enfermedad tenga implicaciones legales, lo que exige un conocimiento adecuado de la epidemiología de la enfermedad, de las medidas de protección, de la toma de muestras y de las características anatomopatológicas. La práctica de autopsias en fallecidos por COVID-19 se ha visto limitada por las obligadas medidas preventivas frente al contagio y por la necesidad de disponer de instalaciones con nivel de protección frente a riesgos biológicos de nivel 3, de modo que las series publicadas hasta la fecha son escasas, y parciales, con abordajes limitados (autopsia mínimamente invasiva o biopsia con aguja gruesa). En este artículo se hace una revisión de los aspectos de la fisiopatología de la enfermedad que tienen repercusión en la infectividad de los tejidos y fluidos del cadáver, de las medidas de prevención del riesgo biológico, de la toma de muestras y de los hallazgos patológicos, tanto macroscópicos como microscópicos, asociados a la muerte provocada por la infección por el virus SARS-CoV-2 Forensic physicians should consider the possibility that people who have died from violent or unknown causes may be infected by the virus SARS-CoV-2, or that the diagnosis of the disease has legal implications, which requires adequate knowledge of the epidemiology of the disease, protective measures, adequate sampling and the pathological characteristics. The practice of autopsies on people who have died from COVID-19 has been limited by the mandatory preventive measures against contagion and by the need for facilities with a level of protection against level-3 biological risk, and therefore series published to date are scarce and partial,with limited approaches (minimally invasive autopsy or needle biopsy). This article reviews the aspects of the pathophysiology of the disease that have an impact on the infectivity of the body's tissues and fluids, measures for preventing biological risk, taking samples and pathological findings, both macroscopic and microscopic, associated with death caused by infection with the SARS-CoV-2 virus

Isolation and characterization of an early SARS-CoV-2 isolate from the 2020 epidemic in Medellín, Colombia / [Aislamiento y caracterización de una cepa temprana de SARS-CoV-2 durante la epidemia de 2020 en Medellín, Colombia].

Introduction: SARS-CoV-2 has been identified as the new coronavirus causing an outbreak of acute respiratory disease in China in December, 2019. This disease, currently named COVID-19, has been declared as a pandemic by the World Health Organization (WHO). The first case of COVID-19 in Colombia was reported on March 6, 2020. Here we characterize an early SARS-CoV-2 isolate from the pandemic recovered in April, 2020. Objective: To describe the isolation and characterization of an early SARS-CoV-2 isolate from the epidemic in Colombia. Materials and methods: A nasopharyngeal specimen from a COVID-19 positive patient was inoculated on different cell lines. To confirm the presence of SARS-CoV-2 on cultures we used qRT-PCR, indirect immunofluorescence assay, transmission and scanning electron microscopy, and next-generation sequencing. Results: We determined the isolation of SARS-CoV-2 in Vero-E6 cells by the appearance of the cytopathic effect three days post-infection and confirmed it by the positive results in the qRT-PCR and the immunofluorescence with convalescent serum. Transmission and scanning electron microscopy images obtained from infected cells showed the presence of structures compatible with SARS-CoV-2. Finally, a complete genome sequence obtained by next-generation sequencing allowed classifying the isolate as B.1.5 lineage. Conclusion: The evidence presented in this article confirms the first isolation of SARSCoV-2 in Colombia. In addition, it shows that this strain behaves in cell culture in a similar way to that reported in the literature for other isolates and that its genetic composition is consistent with the predominant variant in the world. Finally, points out the importance of viral isolation for the detection of neutralizing antibodies, for the genotypic and phenotypic characterization of the strain and for testing compounds with antiviral potential.

Introducción. El nuevo coronavirus causante de un brote de enfermedad respiratoria aguda en China en diciembre de 2019 se identificó como SARS-CoV-2. La enfermedad, denominada COVID-19, fue declarada pandemia por la Organización Mundial de la Salud (OMS). El primer caso de COVID-19 en Colombia se reportó el 6 de marzo de 2020; en este estudio se caracterizó un aislamiento temprano del virus SARS-CoV-2 de una muestra ecolectada en abril de 2020. Objetivos. Describir y caracterizar una cepa temprana a partir de un aislamiento de SARSCoV-2 durante la pandemia en Colombia. Materiales y métodos. Se obtuvo una muestra de un paciente con COVID-19 confirmada por qRT-PCR; la muestra fue inoculada en diferentes líneas celulares hasta la aparición del efecto citopático. Para confirmar la presencia de SARS-CoV-2 en el cultivo, se utilizó la qRT-PCR a partir de los sobrenadantes, la inmunofluorescencia indirecta (IFI) en células Vero-E6, así como microscopía electrónica y secuenciación de nueva generación (nextgeneration sequencing). Resultados. Se confirmó el aislamiento de SARS-CoV-2 en células Vero-E6 por la aparición del efecto citopático tres días después de la infección, así como mediante la qRT-PCR y la IFI positiva con suero de paciente convaleciente positivo para SARS-CoV-2. Además, en las imágenes de microscopía electrónica de trasmisión y de barrido de células infectadas se observaron estructuras compatibles con viriones de SARS-CoV-2. Por último, se obtuvo la secuencia completa del genoma, lo que permitió clasificar el aislamiento como linaje B.1.5. Conclusiones. La evidencia presentada en este artículo permite confirmar el primer aislamiento de SARS-CoV-2 en Colombia. Además, muestra que esta cepa se comporta en cultivo celular de manera similar a lo reportado en la literatura para otros aislamientos y que su composición genética está acorde con la variante predominante en el mundo. Finalmente, se resalta la importancia que tiene el aislamiento viral para la detección de anticuerpos, para la caracterización genotípica y fenotípica de la cepa y para probar compuestos con potencial antiviral.

Autopsies of suspected SARS-CoV-2 cases

Forensic physicians should consider the possibility that people who have died from violent or unknown causes may be infected by the virus SARS-CoV-2, or that the diagnosis of the disease has legal implications, which requires adequate knowledge of the epidemiology of the disease, protective measures, adequate sampling and the pathological characteristics. The practice of autopsies on people who have died from COVID-19 has been limited by the mandatory preventive measures against contagion and by the need for facilities with a level of protection against level-3 biological risk, and therefore series published to date are scarce and partial,with limited approaches (minimally invasive autopsy or needle biopsy). This article reviews the aspects of the pathophysiology of the disease that have an impact on the infectivity of the body's tissues and fluids, measures for preventing biological risk, taking samples and pathological findings, both macroscopic and microscopic, associated with death caused by infection with the SARS-CoV-2 virus. Resumen La medicina forense debe contemplar la posibilidad de que fallecidos por causas violentas o desconocidas puedan estar infectados por el virus SARS-CoV-2, o que el diagnóstico de la enfermedad tenga implicaciones legales, lo que exige un conocimiento adecuado de la epidemiología de la enfermedad, de las medidas de protección, de la toma de muestras y de las características anatomopatológicas. La práctica de autopsias en fallecidos por COVID-19 se ha visto limitada por las obligadas medidas preventivas frente al contagio y por la necesidad de disponer de instalaciones con nivel de protección frente a riesgos biológicos de nivel 3, de modo que las series publicadas hasta la fecha son escasas, y parciales, con abordajes limitados (autopsia mínimamente invasiva o biopsia con aguja gruesa). En este artículo se hace una revisión de los aspectos de la fisiopatología de la enfermedad que tienen repercusión en la infectividad de los tejidos y fluidos del cadáver, de las medidas de prevención del riesgo biológico, de la toma de muestras y de los hallazgos patológicos, tanto macroscópicos como microscópicos, asociados a la muerte provocada por la infección por el virus SARS-CoV-2.